Jak wygląda kontrola skarbowa w e-commerce JDG i jak się do niej przygotować

Dlaczego w e-commerce kontrole zdarzają się częściej? Powód jest prosty. Handel online rozwija się bardzo szybko i jest jednym z obszarów, które szczególnie interesują urząd skarbowy. Sklepy internetowe często sprzedają za granicę, korzystają z różnych platform, płatności online i systemów takich jak VAT OSS. To oznacza mnóstwo danych do sprawdzenia i sporo możliwości pomyłek. Jeśli do tego dochodzą częste korekty deklaracji, wysokie zwroty VAT albo nietypowe koszty, urząd może chcieć sprawdzić, czy wszystko jest w porządku. Nie oznacza to od razu, że zrobiłeś coś źle – po prostu e-commerce to branża, w której fiskus widzi większe ryzyko błędów i dlatego patrzy na nią uważniej.

Najważniejsze, co musimy podkreślić, to to, że kontrola nie jest końcem świata. Nie oznacza bankructwa ani zamknięcia biznesu. W praktyce wygląda to tak, że urzędnicy proszą o pokazanie dokumentów, czasem zadają pytania, a na końcu spisują protokół. Jeśli wszystko jest w porządku, sprawa szybko się kończy. A nawet jeśli pojawią się jakieś błędy, w większości przypadków istnieje możliwość ich poprawienia albo wyjaśnienia, skąd się wzięły.

W tym artykule przeprowadzimy cię krok po kroku przez cały proces. Dowiesz się, dlaczego urząd skarbowy decyduje się na kontrolę i jak ona dokładnie wygląda od pierwszego listu aż po ostatnie podpisy. Pokażemy też, na co szczególnie zwracają uwagę urzędnicy w przypadku e-commerce i jak najlepiej przygotować się na ich wizytę. Na końcu znajdziesz praktyczną checklistę, która pomoże uporządkować księgowość jednoosobowej firmy i uniknąć stresu, jeśli kontrola faktycznie zapuka do twoich drzwi.

Dlaczego w ogóle może przyjść kontrola?

Korekty i zwroty VAT

Jednym z typowych sygnałów, które mogą zwrócić uwagę urzędu skarbowego, są częste korekty deklaracji VAT. Organy Krajowej Administracji Skarbowej korzystają z analizy plików JPK i narzędzi analitycznych do typowania podatników do weryfikacji. Jeśli więc w krótkim czasie składasz kilka poprawek, to system może uznać, że warto przyjrzeć się twojej księgowości JDG dokładniej.

Podobnie jest ze zwrotami VAT. W e-commerce często kupuje się towar za granicą i naturalne jest to, że na początku działalności pojawiają się spore kwoty do odzyskania. W praktyce urząd skarbowy ma prawo przedłużyć termin zwrotu VAT (na podstawie art. 87 ustawy o VAT), dopóki nie zweryfikuje, czy wszystko jest w porządku. Taka weryfikacja może oznaczać czynności sprawdzające, a czasem pełną kontrolę. Dla przedsiębiorcy to oznacza chwilowe opóźnienie w wypłacie pieniędzy i konieczność pokazania dokumentów potwierdzających transakcje.

Sprzedaż zagraniczna i dane z systemów

Jeśli prowadzisz sprzedaż zagraniczną i rozliczasz się w ramach systemu OSS lub IOSS, twoje dane trafiają do administracji podatkowych w całej Unii. Państwo, w którym jesteś zarejestrowany, przekazuje informacje o deklaracjach i płatnościach do krajów, gdzie mieszkają twoi klienci. To sprawia, że urzędy mogą szybko sprawdzić, czy VAT został odprowadzony tam, gdzie powinien.

Dodatkowo od kwietnia 2024 roku działa system CESOP, który gromadzi dane od dostawców usług płatniczych (banków, operatorów płatności online). Jeśli jako przedsiębiorca przyjmiesz ponad 25 transgranicznych płatności w kwartale, informacje o tobie trafią do centralnej bazy i będą analizowane przez organy podatkowe. To nie oznacza, że ktoś codziennie porównuje twoje konto z deklaracją VAT, ale że dane płatnicze są wykorzystywane do wyłapywania nieprawidłowości.

Warto też wspomnieć o STIR – to polski system, który pozwala KAS analizować dane bankowe na podstawie wskaźnika ryzyka. Dzięki niemu urząd może np. zablokować rachunek w przypadku podejrzenia poważnych nadużyć podatkowych. To nie jest rutynowa kontrola każdego przedsiębiorcy, ale narzędzie do działań wobec przypadków uznanych za ryzykowne.

Oprócz tego od rozliczenia za 2023 rok obowiązuje w UE dyrektywa DAC7. Nakłada ona na platformy takie jak Allegro czy Amazon obowiązek raportowania danych o sprzedawcach. W praktyce oznacza to, że urząd skarbowy może otrzymać informacje o twoich przychodach także od operatora platformy. Trzeba jednak zaznaczyć, że dotyczy to marketplace’ów ułatwiających transakcje – nie każdej platformy typu SaaS.

Przykład z praktyki

Załóżmy, że młody przedsiębiorca otworzył sklep internetowy z akcesoriami sportowymi. Kupił duże partie towaru od zagranicznych dostawców i przez kilka miesięcy co miesiąc wnioskował o wysoki zwrot VAT. Wszystko było zgodne z prawem, ale urząd – korzystając z art. 87 ustawy o VAT – przedłużył wypłatę, żeby sprawdzić dokumenty. Kontrola wykazała drobne błędy w księgowości jednoosobowej firmy, które łatwo można było poprawić. Po wyjaśnieniach pieniądze wróciły na konto, a działalność mogła działać dalej bez przeszkód.

Kontrola jako proces weryfikacyjny

Warto podejść do kontroli z chłodną głową. To nie jest polowanie na przedsiębiorców, ale standardowy proces weryfikacyjny. Urząd sprawdza spójność danych z JPK, deklaracji VAT, OSS/IOSS czy CESOP. Jeśli trzeba, sięga też po narzędzia takie jak kontrole krzyżowe czy dane raportowane przez platformy. Dlatego najważniejsze jest to, żebyś miał porządek w dokumentach – fakturach, umowach, potwierdzeniach płatności i plikach JPK. To właśnie komplet i przejrzystość tych materiałów sprawia, że kontrola przebiega szybciej i kończy się bez problemów.

Jakie są rodzaje kontroli w e-commerce?

Kontrola podatkowa

To najczęściej spotykany typ kontroli i dotyczy prawie każdego przedsiębiorcy. Prowadzi ją urząd skarbowy i sprawdza, czy poprawnie rozliczasz podatki w ramach jednoosobowej działalności gospodarczej. W praktyce oznacza to weryfikację podatku dochodowego (PIT dla JDG albo CIT dla spółek) oraz VAT w JDG. Urzędnicy porównują twoje deklaracje z księgami podatkowymi, ewidencją VAT i plikami JPK. Tego rodzaju kontrola zwykle skupia się na działalności krajowej, ale jeśli prowadzisz prostą sprzedaż zagraniczną – np. wysyłasz towar do Niemiec czy Czech – urząd może sprawdzić także te elementy, ponieważ wpływają one na rozliczenia VAT.

Kontrola celno-skarbowa

Tę kontrolę prowadzą urzędy celno-skarbowe, czyli część Krajowej Administracji Skarbowej. Jest bardziej szczegółowa i obejmuje nie tylko to, co sprawdza zwykła kontrola podatkowa, ale również szereg dodatkowych obszarów. W przypadku e-commerce chodzi najczęściej o sprzedaż i zakupy zagraniczne, rozliczenia w ramach systemów OSS i IOSS, dokumenty celne związane z importem i eksportem, a także przepływy płatności międzynarodowych. Kontrolerzy sprawdzają też, czy przedsiębiorca przestrzega przepisów celnych i dewizowych. Ważne jest to, że taka kontrola może być wszczęta bez wcześniejszego zawiadomienia, jeśli organ uzna, że istnieje ryzyko nieprawidłowości.

Inne formy weryfikacji

Zanim dojdzie do pełnej kontroli, urząd często korzysta z prostszych narzędzi. Jednym z nich są czynności sprawdzające – na przykład wezwanie do złożenia wyjaśnień w sprawie korekty VAT albo wniosku o zwrot podatku. Innym mechanizmem jest kontrola krzyżowa, czyli sytuacja, w której urząd porównuje faktury między kontrahentami – sprawdza, czy to, co ty wykazałeś jako koszt, druga strona rzeczywiście ujęła jako sprzedaż. W przypadku sprzedaży zagranicznej możliwe są też kontrole transgraniczne, ponieważ w ramach OSS czy IOSS inne administracje podatkowe w Unii Europejskiej mogą domagać się uregulowania zaległości, jeśli wykryją błędy.

Co to oznacza dla przedsiębiorcy?

Jeśli prowadzisz sklep internetowy wyłącznie w Polsce, najczęściej spotkasz się ze zwykłą kontrolą podatkową. Jeżeli jednak wysyłasz towary za granicę, korzystasz z magazynów takich jak Amazon FBA albo importujesz produkty spoza UE, musisz liczyć się z możliwością kontroli celno-skarbowej. Warto też pamiętać, że zanim pojawią się kontrolerzy, urząd może zacząć od prostszych działań, takich jak wezwanie do wyjaśnień albo weryfikacja faktur twoich kontrahentów.

Jak krok po kroku wygląda kontrola?

Zawiadomienie

Najczęściej wszystko zaczyna się od pisma z urzędu. Przepisy mówią, że urząd doręcza zawiadomienie co najmniej 7 dni przed startem kontroli i ma na jej rozpoczęcie maksymalnie 30 dni od doręczenia. Jeśli w tym czasie kontrola nie ruszy, urząd powinien wysłać nowe zawiadomienie. Są też wyjątki: gdy istnieje uzasadnione podejrzenie przestępstwa skarbowego albo w przypadku kontroli celno-skarbowej, kontrola może wystartować bez zapowiedzi. Dla ciebie to sygnał, żeby od razu sprawdzić, jaki jest zakres i okres kontroli oraz które dokumenty będą potrzebne.

Wizyta urzędników

Kontrolerzy zawsze pokazują legitymację i pisemne upoważnienie. Jeśli twoja JDG jest zarejestrowana w domu, mogą pojawić się właśnie tam. W praktyce coraz częściej kontrola toczy się zdalnie: urząd prosi o przesłanie plików, skanów i wyciągów. Kontrola może odbywać się w siedzibie firmy, w miejscu przechowywania dokumentów albo w urzędzie — jeśli się na to zgodzisz. Warto przygotować spokojne miejsce do pracy lub uporządkowaną paczkę plików, jeśli wszystko idzie online.

Sprawdzanie dokumentów

To kluczowy etap. Urzędnicy sprawdzają JPK_V7, faktury sprzedaży i zakupu, umowy z kontrahentami, wyciągi bankowe i dane z twoich systemów księgowych. W e-commerce dochodzą raporty z marketplace’ów (np. Allegro, Amazon, eBay) oraz z bramek płatniczych. Gdy rozliczasz sprzedaż zagraniczną, urząd może sięgnąć po dane z OSS/IOSS i informacje przekazywane między administracjami. Masz obowiązek dostarczać dokumenty i odpowiadać na pytania — organy mogą żądać wyjaśnień ustnych lub pisemnych od ciebie albo od twojego księgowego. Tu liczy się porządek: kompletne pliki JPK, czytelne faktury i potwierdzenia płatności przyspieszają sprawę.

Protokół z kontroli

Po zakończeniu czynności dostajesz protokół. To podsumowanie tego, co sprawdzono i czy są nieprawidłowości, z podaniem podstaw prawnych. Masz 14 dni na zgłoszenie uwag. Jeśli urząd uzna twoje wyjaśnienia, protokół może zostać zmieniony. Dobrą praktyką jest krótkie, rzeczowe odniesienie się do każdego punktu, z dołączonymi dokumentami.

Co dalej

Często na tym się kończy i temat jest zamknięty. Jeśli jednak urząd widzi błędy, może wszcząć postępowanie podatkowe — wtedy sprawa kończy się decyzją. Gdy pojawi się podejrzenie poważnych naruszeń, w grę wchodzi też postępowanie karno-skarbowe. Niezależnie od scenariusza, najbezpieczniej jest działać prosto: komplet dokumentów, spójne liczby, szybkie odpowiedzi na pytania. Dzięki temu kontrolę przeprowadzimy możliwie gładko.

Specyfika e-commerce – na co szczególnie patrzy fiskus?

Dokumenty elektroniczne

W handlu internetowym prawie wszystko dzieje się online, dlatego urząd skarbowy szczególnie koncentruje się na dokumentach elektronicznych. Każdy przedsiębiorca VAT ma obowiązek przesyłać JPK_V7, które od 2018 roku są traktowane jako dokument źródłowy. W przypadku sprzedaży transgranicznej B2C w grę wchodzą także rozliczenia w ramach systemów OSS i IOSS. Dane z tych systemów są automatycznie wymieniane pomiędzy państwami UE, dzięki czemu urząd może łatwo sprawdzić, czy VAT został rozliczony w odpowiednim kraju. Jeśli fiskus poprosi cię o wyjaśnienia, termin na odpowiedź wynosi zwykle 7 dni (zgodnie z art. 155 § 1 Ordynacji podatkowej), choć w sytuacjach pilnych może być krótszy.

System CESOP

Od kwietnia 2024 roku w całej Unii działa system CESOP. To centralna baza danych, do której dostawcy usług płatniczych – czyli banki i fintechy – raportują informacje o odbiorcach, którzy przyjmują więcej niż 25 transgranicznych płatności w kwartale. Dane trafiają do administracji podatkowych i są analizowane pod kątem zgodności z deklaracjami VAT. Dla sprzedawcy e-commerce oznacza to, że przelewy z zagranicy stają się w pełni widoczne w systemach fiskusa.

Kontrole krzyżowe

Częstym narzędziem w e-commerce są tzw. weryfikacje krzyżowe. Polegają one na porównaniu twoich faktur i plików JPK z dokumentami twoich kontrahentów. Jeśli ty wykazujesz koszt, urząd sprawdza, czy druga strona pokazała sprzedaż. W przypadku importu fiskus może także zestawić twoje deklaracje z dokumentami agencji celnej, aby sprawdzić, czy wartości towarów się zgadzają. Dzięki temu łatwo wyłapuje się rozbieżności między stronami tej samej transakcji.

„Tajny klient”

W praktyce urzędnicy stosują też metodę zwaną zakupem sprawdzającym (art. 94k ustawy o KAS). Polega ona na tym, że urzędnik dokonuje zakupu w twoim sklepie internetowym jak zwykły klient. Ma prawo zażądać paragonu lub faktury i następnie sprawdzić, czy transakcja pojawia się w twojej ewidencji sprzedaży. To prosta metoda, która pozwala szybko wychwycić próby ukrywania obrotu.

Podsumowanie

Specyfika e-commerce polega na tym, że urząd ma dziś wyjątkowo szeroki wgląd w działalność sprzedawców. Dane z JPK, OSS/IOSS i CESOP pozwalają analizować transakcje w skali międzynarodowej, a weryfikacje krzyżowe i zakupy sprawdzające ułatwiają sprawdzenie poszczególnych przypadków. Dodatkowo od 2023 roku obowiązuje dyrektywa DAC7, zgodnie z którą operatorzy marketplace’ów, takich jak Amazon, Allegro czy eBay, raportują dane o sprzedawcach do administracji podatkowych. W efekcie niemal każda sprzedaż internetowa zostawia ślad w systemach fiskusa, dlatego prowadzenie księgowości e-commerce w sposób rzetelny i przejrzysty staje się absolutnie kluczowe.

Jak się przygotować? (praktyczna checklista)

Uporządkuj dokumenty

Podstawą spokojnej kontroli jest porządek w papierach – a w e-commerce głównie w plikach. Zadbaj, żeby księga przychodów i rozchodów, faktury sprzedaży i zakupu, raporty z Allegro, Amazona czy Shopify oraz wyciągi z bramek płatniczych były w jednym miejscu i łatwo dostępne. To samo dotyczy plików JPK i rozliczeń w ramach OSS/IOSS, jeśli sprzedajesz za granicę. Pomyśl o tym jak o folderze „kontrola” – gdy urzędnik o coś zapyta, nie musisz wtedy w panice przeszukiwać całego komputera.

Sprawdź newralgiczne punkty

Są obszary, które urząd sprawdza szczególnie dokładnie. To przede wszystkim stawki VAT – czy zastosowałeś właściwą przy sprzedaży danego towaru lub usługi. Druga kwestia to sprzedaż zagraniczna – upewnij się, że faktury i deklaracje pokrywają się z raportami płatniczymi. Warto też spojrzeć krytycznie na koszty: jeśli masz wydatki, które wyglądają nietypowo, dobrze mieć przygotowane ich uzasadnienie. To wszystko ułatwia wyjaśnienia w trakcie kontroli.

Przygotuj wyjaśnienia

Zastanów się wcześniej, jakie pytania może zadać urząd. Najczęściej dotyczą one dużych zwrotów VAT, częstych korekt deklaracji albo transakcji zagranicznych. Przygotuj krótkie i jasne odpowiedzi – na przykład: „duże zwroty VAT wynikają z tego, że w pierwszych miesiącach działalności kupiliśmy dużo towaru od dostawców zagranicznych”. Takie wyjaśnienia pokazują, że masz kontrolę nad sytuacją i nie ukrywasz niczego.

Pomyśl o wsparciu

Kontrola nie oznacza, że musisz działać sam. Możesz wyznaczyć pełnomocnika – księgowego albo eksperta podatkowego – który będzie reprezentował cię podczas czynności. To bardzo praktyczne rozwiązanie, szczególnie jeśli nie czujesz się pewnie w tematach podatkowych. Profesjonalista może też pomóc w przygotowaniu zastrzeżeń do protokołu, jeśli pojawią się jakieś uwagi ze strony urzędu.

Zabezpiecz się na przyszłość

Najlepszym sposobem na spokojną głowę jest systematyczność. Warto wdrożyć wewnętrzne procedury – na przykład checklistę z dokumentami, które regularnie sprawdzasz i archiwizujesz. Dobrym pomysłem jest także korzystanie z programów księgowych, które automatycznie generują raporty i porównują dane z bankiem czy marketplace’ami. Dzięki temu twoja księgowość JDG jest zawsze gotowa na kontrolę, a ty nie musisz w ostatniej chwili nadrabiać zaległości.

Co zrobić, gdy kontrola już trwa?

Zachowaj spokój

Najważniejsze w trakcie kontroli to nie dać się sparaliżować stresem. Kontrolerzy to urzędnicy wykonujący swoją pracę, nie są twoimi przeciwnikami. Dobrze jest traktować ich profesjonalnie i spokojnie – dzięki temu atmosfera jest lepsza, a sama kontrola przebiega sprawniej.

Współpracuj z urzędem

Ukrywanie dokumentów albo unikanie odpowiedzi zwykle tylko pogarsza sytuację. Lepiej przygotować potrzebne pliki i wyjaśnić, skąd wzięły się dane liczby w księgowości jednoosobowej działalności gospodarczej. Jeśli coś jest niejasne, warto od razu powiedzieć, że potrzebujesz chwili na zebranie danych albo że skonsultujesz się z księgowym. Urzędnicy wolą rzeczowe wyjaśnienia niż brak reakcji.

Korzystaj ze swoich praw

Podczas kontroli nie jesteś bezbronny. Masz prawo wglądu w dokumenty sporządzane przez urząd, w tym w protokół kontroli. Jeśli nie zgadzasz się z wnioskami kontrolerów, możesz zgłosić zastrzeżenia w ciągu 14 dni. Masz też prawo wyznaczyć pełnomocnika – może nim być księgowy albo ekspert podatkowy – który będzie cię reprezentował w trakcie całej procedury. Dzięki temu nie musisz sam odpowiadać na każde pytanie, a profesjonalista zadba o twoje interesy.

Podsumowanie

Kontrola skarbowa w e-commerce nie jest niczym wyjątkowym ani nadzwyczajnym. To element prowadzenia działalności gospodarczej, który prędzej czy później może spotkać każdego przedsiębiorcę. Szczególnie w branży online, gdzie wszystko opiera się na danych elektronicznych i przepływach płatności, urząd skarbowy ma wiele narzędzi, żeby sprawdzić poprawność rozliczeń.

Najważniejsze jest to, żeby mieć porządek w dokumentach i być gotowym na wyjaśnienie wszystkich kluczowych kwestii. Jeśli twoje faktury, pliki JPK, raporty z platform sprzedażowych i potwierdzenia płatności są poukładane, kontrola przebiega dużo szybciej i bez większego stresu. Warto też zawczasu przygotować krótkie odpowiedzi na pytania o zwroty VAT, sprzedaż zagraniczną czy nietypowe koszty.

Pamiętaj, że dobre praktyki od początku prowadzenia firmy to najlepsza ochrona przed nerwami. Regularne sprawdzanie księgowości JDG, współpraca z księgowym i stosowanie prostych procedur sprawiają, że nawet jeśli urząd zapuka do twoich drzwi, podejdziesz do kontroli spokojnie i bez obaw.