Wykreślenie z VAT a odliczenie podatku VAT. Co to oznacza dla podatnika e-commerce?

Na początku trzeba wyjaśnić jedną rzecz, która bardzo często prowadzi do nieporozumień. Wykreślenie z rejestru VAT nie jest tym samym co zwolnienie z VAT. To dwie zupełnie różne instytucje. Przedsiębiorca może zostać wykreślony z rejestru podatników VAT czynnych, ale jeżeli nadal wykonuje czynności opodatkowane i nie korzysta z ustawowego zwolnienia, samo wykreślenie nie powoduje, że nagle przestaje być zobowiązany do naliczania i rozliczania podatku. Z drugiej strony zwolnienie podmiotowe, którego limit w 2026 roku wynosi zasadniczo 240 000 zł wartości sprzedaży, wynika z odrębnych przepisów i nie należy go utożsamiać z wykreśleniem z rejestru.

Wykreślenie z rejestru VAT – o co właściwie chodzi?

Wykreślenie z rejestru VAT oznacza zmianę formalnego statusu podatnika w rejestrze prowadzonym przez administrację skarbową. Nie oznacza natomiast automatycznego zwolnienia przedsiębiorcy z podatku ani anulowania jego obowiązków. Jeżeli firma nadal prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą, wykonuje sprzedaż podlegającą VAT i nie spełnia warunków żadnego zwolnienia, to samo wykreślenie z rejestru nie usuwa obowiązku rozliczenia podatku należnego.

To rozróżnienie ma ogromne znaczenie szczególnie w e-commerce. Sklep internetowy może zostać wykreślony z rejestru na przykład dlatego, że przez kilka okresów nie złożył wymaganych rozliczeń, ale jednocześnie cały czas przyjmować zamówienia, wysyłać towary, wystawiać faktury i prowadzić normalną działalność. W takiej sytuacji sprzedaż nie przestaje być opodatkowana tylko dlatego, że podatnika nie ma chwilowo w rejestrze.

Status podatnika wynika przede wszystkim z art. 15 ustawy o VAT i z rzeczywistego prowadzenia działalności gospodarczej. Rejestracja jest bardzo ważnym elementem formalnym, ale nie tworzy sama w sobie całego materialnego statusu podatnika. To właśnie dlatego przy wykreśleniu trzeba oddzielić dwie rzeczy: obowiązek rozliczenia VAT od sprzedaży oraz formalną możliwość korzystania z niektórych praw, w tym prawa do skutecznego odliczenia podatku naliczonego.

Odliczenie podatku VAT – kiedy przedsiębiorca ma do niego prawo?

Prawo do odliczenia VAT jest jednym z podstawowych mechanizmów całego systemu podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT podatnik może obniżyć podatek należny o podatek naliczony w takim zakresie, w jakim zakupione towary i usługi służą wykonywaniu czynności opodatkowanych.

W praktyce oznacza to, że jeżeli sklep internetowy kupuje towar handlowy, usługi logistyczne, reklamę, oprogramowanie, wyposażenie magazynu albo inne świadczenia potrzebne do opodatkowanej działalności, VAT wykazany na fakturach zakupowych może co do zasady podlegać odliczeniu. Nie wystarczy jednak samo posiadanie faktury. Muszą być spełnione materialne warunki odliczenia, a jednocześnie nie mogą występować przesłanki negatywne określone m.in. w art. 88 ustawy o VAT.

Przy wykreśleniu szczególnie ważne jest rozróżnienie pomiędzy powstaniem prawa do odliczenia a możliwością jego faktycznego wykorzystania. Prawo może powstać wtedy, gdy przedsiębiorca rzeczywiście działa jako podatnik i dokonuje zakupów związanych z opodatkowaną działalnością. Art. 88 ust. 4 ogranicza jednak możliwość realizacji tego prawa przez podmiot, który nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny. W praktyce oznacza to, że wykreślenie nie zawsze definitywnie niszczy możliwość odzyskania VAT, ale jego rozliczenie może wymagać wcześniejszego uporządkowania statusu rejestracyjnego i prawidłowego skorygowania odpowiednich okresów.

Wykreślenie z rejestru VAT – na wniosek lub z urzędu

Przedsiębiorca może przestać figurować w rejestrze zarówno w związku z zakończeniem działalności opodatkowanej, jak i na skutek działania urzędu skarbowego. Jeżeli podatnik faktycznie przestaje wykonywać czynności podlegające opodatkowaniu, powinien zgłosić ten fakt właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego. Służy do tego formularz VAT-Z, obecnie w wersji VAT-Z(6), a zgłoszenie powinno zostać dokonane w ustawowym terminie liczonym od dnia zaprzestania wykonywania czynności podlegających VAT.

Inaczej wygląda wykreślenie z urzędu. Art. 96 ustawy o VAT przewiduje szereg sytuacji, w których naczelnik urzędu skarbowego może usunąć podatnika z rejestru bez konieczności uprzedniego zawiadamiania go o tym fakcie. Dotyczy to między innymi sytuacji, gdy podatnik nie istnieje, nie można się z nim skontaktować mimo udokumentowanych prób, dane zawarte w zgłoszeniu rejestracyjnym okazują się niezgodne z prawdą, podatnik albo jego pełnomocnik nie reaguje na wezwania organu, pojawiają się informacje wskazujące na wykorzystanie działalności do działań związanych z wyłudzeniami skarbowymi albo sąd orzekł zakaz prowadzenia działalności gospodarczej.

Ustawa przewiduje również dodatkowe przesłanki wykreślenia. Dotyczy to na przykład zawieszenia działalności gospodarczej na okres co najmniej sześciu kolejnych miesięcy, niezłożenia wymaganych rozliczeń VAT przez trzy kolejne miesiące lub jeden kwartał, składania przez określony czas rozliczeń bez wykazanej sprzedaży, zakupów i importu z podatkiem do odliczenia, wystawiania faktur dokumentujących czynności, które nie zostały dokonane, a także uczestnictwa w nierzetelnym rozliczaniu podatku, jeśli przedsiębiorca wiedział lub miał uzasadnione podstawy, aby przypuszczać, że kontrahenci biorą udział w takim procederze.

Nie każdy z tych przypadków działa identycznie. Ustawa przewiduje również wyjątki i sytuacje, w których podatnik może wyjaśnić przyczynę określonego sposobu rozliczania. Przykładowo składanie przez kilka okresów tzw. zerowych rozliczeń nie zawsze musi prowadzić do trwałego wykreślenia, jeżeli wynika to ze specyfiki działalności i podatnik jest w stanie odpowiednio wykazać przyczyny takiego stanu.

Wykreślenie z powodu zawieszenia działalności

Dla przedsiębiorców e-commerce szczególnie istotna jest sytuacja, w której działalność zostaje zawieszona. Sklepy internetowe bywają prowadzone sezonowo, czasami przedsiębiorca czasowo wstrzymuje działalność albo reorganizuje biznes, dlatego właśnie ten przypadek warto wyraźnie oddzielić od innych podstaw wykreślenia.

Jeżeli podatnik został wykreślony z rejestru z powodu zawieszenia działalności na odpowiednio długi okres, po jej wznowieniu co do zasady nie musi ponownie składać formularza VAT-R. Zgodnie z przepisami zostaje ponownie zarejestrowany z dniem wznowienia działalności i odzyskuje taki status, jaki miał przed zawieszeniem.

Oznacza to, że przedsiębiorca, który przed zawieszeniem był czynnym podatnikiem VAT, po wznowieniu działalności wraca do rejestru jako podatnik czynny bez konieczności przechodzenia standardowej procedury ponownej rejestracji. Nie należy więc wrzucać tego przypadku do jednego worka z sytuacją, w której podatnik został wykreślony za niezłożenie JPK albo brak kontaktu z urzędem.

Przywrócenie podatnika do rejestru VAT – kiedy działa termin dwóch miesięcy?

Jednym z najważniejszych przepisów dotyczących przywrócenia do rejestru jest art. 96 ust. 9h ustawy o VAT. Przepis ten daje możliwość przywrócenia podatnika bez konieczności ponownego składania VAT-R, ale nie ma zastosowania do każdego możliwego przypadku wykreślenia.

Tryb ten obejmuje określone podstawy wskazane w ustawie, między innymi część przypadków dotyczących braku możliwości kontaktu z podatnikiem, nierzetelnych danych w zgłoszeniu, niestawienia się na wezwanie oraz wykreślenia z powodu niezłożenia wymaganych rozliczeń VAT. W tych sytuacjach podatnik może złożyć wniosek o przywrócenie w terminie dwóch miesięcy od dnia wykreślenia, a jeżeli powodem usunięcia z rejestru był brak rozliczeń, powinien najpóźniej wraz z wnioskiem przekazać brakujące dokumenty.

W 2026 roku w praktyce nie mówimy już przy bieżących rozliczeniach o klasycznych formularzach VAT-7 i VAT-7K. Rozliczenie VAT odbywa się poprzez JPK_V7M lub JPK_V7K z częścią deklaracyjną. Od okresów rozpoczynających się od 1 lutego 2026 roku obowiązuje wersja struktur JPK_V7M(3) i JPK_V7K(3). Jeżeli problem dotyczy okresów wcześniejszych, trzeba zastosować strukturę właściwą dla korygowanego okresu.

Sama zapłata zaległego podatku i odsetek jest oczywiście konieczna, jeżeli rzeczywiście powstała zaległość podatkowa, ale nie należy przedstawiać jej jako warunku przywrócenia wynikającego wprost z art. 96 ust. 9h. Przepis koncentruje się przede wszystkim na wykazaniu, że działalność opodatkowana jest nadal prowadzona, oraz na uzupełnieniu brakujących rozliczeń w przypadkach, w których to ich brak doprowadził do wykreślenia.

Przykład przywrócenia po braku JPK_V7

Załóżmy, że przedsiębiorca prowadzący sklep internetowy przez trzy kolejne miesiące nie wysłał wymaganych JPK_V7M, mimo że przez cały czas normalnie sprzedawał towary. Naczelnik urzędu skarbowego wykreślił go z rejestru VAT 21 lutego. Jeżeli spełnione są warunki zastosowania art. 96 ust. 9h, przedsiębiorca powinien najpóźniej do 21 kwietnia złożyć wniosek o przywrócenie oraz brakujące JPK dotyczące wcześniejszych okresów.

Jeżeli z tych rozliczeń wynika zaległość podatkowa, trzeba ją uregulować wraz z należnymi odsetkami, ale jest to obowiązek związany z samym rozliczeniem podatku, a nie odrębny formalny warunek samego przywrócenia wynikający z art. 96 ust. 9h. W takim przypadku nie ma potrzeby składania nowego VAT-R, jeżeli podatnik mieści się w trybie przywrócenia przewidzianym przez ustawę.

Inne podstawy wykreślenia mogą oznaczać inną procedurę

Termin dwóch miesięcy i procedura z art. 96 ust. 9h nie są uniwersalnym rozwiązaniem każdego problemu z rejestrem VAT. Ustawa przewiduje inne zasady dla wybranych przypadków. Przykładowo przy wykreśleniu związanym z fakturami dokumentującymi czynności, które w rzeczywistości nie zostały dokonane, zastosowanie mogą znaleźć dodatkowe warunki związane z wykazaniem, że wystawienie dokumentu wynikało z pomyłki albo nastąpiło bez wiedzy podatnika.

Dlatego przed złożeniem wniosku o przywrócenie trzeba zawsze ustalić dokładną podstawę wykreślenia. To właśnie ona decyduje, czy można zastosować procedurę przywrócenia bez nowego VAT-R, czy potrzebne będzie inne działanie. W praktyce warto sprawdzić nie tylko sam status w wykazie podatników VAT, ale również powód usunięcia z rejestru i korespondencję z urzędem.

Wykreślenie z rejestru VAT a prawo do odliczenia podatku VAT

Pomimo wykreślenia z rejestru VAT przedsiębiorca nadal może zachowywać materialny status podatnika, jeżeli w rzeczywistości wykonuje działalność gospodarczą i dokonuje opodatkowanych czynności. To oznacza, że z jednej strony nie znika jego obowiązek rozliczenia VAT należnego od sprzedaży, a z drugiej sam fakt braku aktywnej rejestracji nie musi automatycznie unicestwiać materialnego prawa do odliczenia podatku naliczonego.

Kluczowa jest jednak różnica pomiędzy powstaniem prawa a możliwością jego realizacji. Prawo do odliczenia powstaje na gruncie art. 86, jeżeli zakupione towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych i zostały spełnione pozostałe warunki ustawowe. Jednocześnie art. 88 ust. 4 ogranicza możliwość dokonania odliczenia lub uzyskania zwrotu przez podmiot, który nie jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny.

W praktyce oznacza to, że podatnik wykreślony z rejestru może mieć prawo do VAT naliczonego z zakupów dokonanych w okresie wykreślenia, ale faktyczne skorzystanie z tego prawa może wymagać wcześniejszego przywrócenia albo ponownej rejestracji i odpowiedniego rozliczenia właściwego okresu. Nie można natomiast zakładać, że po powrocie do rejestru cały VAT z okresu wykreślenia będzie automatycznie możliwy do odliczenia.

Trzeba sprawdzić, czy zakupy rzeczywiście służyły czynnościom opodatkowanym, kiedy powstało prawo do odliczenia, kiedy przedsiębiorca otrzymał fakturę, czy nie występuje żadna z negatywnych przesłanek z art. 88 oraz czy nie upłynęły terminy, w których można skutecznie zrealizować odliczenie. Jeżeli podatnik nie wykorzystał prawa w bieżących okresach, przepisy pozwalają w określonych warunkach skorzystać z korekty wcześniejszego rozliczenia, ale również tutaj obowiązują ograniczenia czasowe.

Przykład odliczenia po wykreśleniu

Przedsiębiorca prowadzący sklep internetowy nie wysłał JPK_V7 za trzy kolejne okresy, ale przez cały czas kontynuował sprzedaż i kupował towary przeznaczone do dalszej opodatkowanej odsprzedaży. 15 kwietnia urząd wykreślił go z rejestru VAT na podstawie przepisów dotyczących niezłożenia wymaganych rozliczeń.

Sam fakt wykreślenia nie oznacza automatycznie, że VAT naliczony z zakupów został bezpowrotnie utracony. Najpierw trzeba jednak ustalić, czy przedsiębiorca w danym okresie rzeczywiście spełnił warunki z art. 86. Następnie powinien uporządkować swój status, złożyć wymagane rozliczenia i odpowiednio wykazać podatek naliczony w prawidłowych okresach.

Nie zawsze będzie to polegało na wpisaniu całego VAT z okresu wykreślenia do jednego bieżącego JPK. Trzeba ustalić, kiedy powstało prawo do odliczenia dla poszczególnych faktur i który okres powinien zostać skorygowany. W niektórych przypadkach konieczne będzie odtworzenie kilku wcześniejszych rozliczeń.

Co wykreślenie oznacza dla biznesu e-commerce?

E-commerce nie ma specjalnych, odrębnych przepisów dotyczących samego wykreślenia z rejestru VAT, ale charakter sprzedaży internetowej sprawia, że konsekwencje takiego zdarzenia mogą być bardziej rozbudowane niż w prostej działalności lokalnej. Sklep może w tym samym czasie sprzedawać towary w Polsce, dokonywać WDT, rozliczać WNT, korzystać z zagranicznych magazynów, importować towary i ponosić znaczne wydatki z VAT naliczonym.

Jeżeli podatnik zostaje wykreślony, a działalność w praktyce trwa dalej, nie wystarczy tylko „odzyskać status VAT czynnego”. Konieczne może być odtworzenie wszystkich rozliczeń dotyczących okresu wykreślenia. Trzeba sprawdzić sprzedaż krajową, sprzedaż unijną, informacje VAT-UE, zakupy krajowe i zagraniczne, import, a także to, czy w poszczególnych okresach prawidłowo został wykazany podatek należny i naliczony.

W przypadku e-commerce szybko może się okazać, że problem formalny z rejestrem wpływa również na rozliczenia z kontrahentami i na dokumentację sprzedażową. Dlatego im większa skala działalności, tym ważniejsze jest szybkie ustalenie podstawy wykreślenia i uporządkowanie całej historii podatkowej, zamiast ograniczania się do samego złożenia wniosku o przywrócenie.

Wykreślenie a odliczenie podatku VAT – skorzystaj z usług VAT Compliance

VAT Compliance Services for e-commerce across the EU (image)

Wykreślenie z rejestru VAT nie oznacza automatycznie utraty wszystkich praw ani wygaśnięcia obowiązków podatkowych, jeżeli w okresie wykreślenia przedsiębiorca nadal rzeczywiście prowadził działalność opodatkowaną. Jednocześnie sposób odliczenia VAT za ten okres może zależeć od podstawy wykreślenia, terminu ponownej rejestracji albo przywrócenia, dat poszczególnych faktur oraz tego, czy zostały zachowane materialne warunki odliczenia.

Zarówno w przypadku rejestracji, przywrócenia po wykreśleniu, jak i odtworzenia rozliczeń za okres braku aktywnego statusu, warto przeanalizować całość sytuacji zamiast ograniczać się do jednego formularza. Przy działalności e-commerce szczególne znaczenie mogą mieć również transakcje unijne, magazyny zagraniczne i obowiązki VAT w kilku państwach jednocześnie.

W ramach kompleksowej usługi VAT Compliance możemy pomóc uporządkować rejestrację, rozliczenia za okres wykreślenia, korekty JPK oraz dalsze obowiązki podatkowe związane z działalnością e-commerce.

Więcej informacji o usłudze VAT Compliance znajdziesz tutaj: https://amavat.pl/vat-compliance-e-commerce/.

Podsumowanie

Najważniejsze jest rozróżnienie dwóch pojęć: wykreślenie z rejestru VAT nie oznacza zwolnienia z VAT. Jeżeli przedsiębiorca po wykreśleniu nadal prowadzi działalność opodatkowaną, może w dalszym ciągu mieć obowiązek naliczania i rozliczania podatku należnego. Jednocześnie może zachować materialne prawo do podatku naliczonego z zakupów związanych z działalnością, choć jego faktyczne wykorzystanie wymaga spełnienia warunków formalnych i materialnych.

Nie ma jednej procedury przywrócenia właściwej dla każdego przypadku. Przy braku rozliczeń lub niektórych innych podstawach wykreślenia możliwy jest wniosek składany w terminie dwóch miesięcy, przy zawieszeniu działalności powrót do rejestru następuje natomiast co do zasady automatycznie po wznowieniu. W innych sytuacjach trzeba sprawdzić szczególne warunki wynikające z ustawy.

Dla e-commerce oznacza to przede wszystkim konieczność odtworzenia całych rozliczeń za okres wykreślenia. Sama zmiana statusu w rejestrze nie zamyka problemu. Trzeba sprawdzić podatek należny, VAT naliczony, JPK_V7, transakcje unijne i ewentualne korekty wcześniejszych okresów. Dopiero takie podejście pozwala bezpiecznie wrócić do normalnych rozliczeń.

Jeżeli prowadzisz działalność e-commerce i potrzebujesz pomocy przy rejestracji, przywróceniu do VAT albo rozliczeniu okresu wykreślenia, zapraszamy do kontaktu z naszymi ekspertami: kontakt – amavat®.